免疫系统
系统性红斑狼疮、硬皮症、类风湿性关节炎、银肩病、僵直性脊椎炎、白斑症等自体免疫疾病。
间充质干细胞（MSCs）在治疗免疫系统疾病中的作用主要包括以下几点：
1. **免疫调节**：MSCs具有特有的免疫调节及抑制功能，使得MSC治疗得以直接应用于免疫及发炎疾病。
2. **分泌细胞因子**：MSCs可透过旁分泌、内分泌等作用分泌各种细胞因子，抑制组织凋亡、调节免疫发炎反应，并促进血管再生。
例如，MSCs已被用于治疗移植排斥、自体免疫疾病、骨关节炎等疾病。
MSCs对T细胞和B细胞（T、B淋巴细胞属于免疫细胞的一种）都表现出优异的免疫抑制特性，因此T-MSC具备治疗由T细胞或B细胞介导发炎性疾病的潜力。
临床案例
2007年3月2008年11月11月4日，15例持续活动性SLE患者入组并接受MSC治疗。平均随访期为17.2±9.5个月。共有13例患者随访超过12个月。所有患者接受间充质干细胞治疗后临床改善，SLEDAI评分和24h蛋白尿显著降低。在12个月随访时，SLEDAI评分从12.2±3.3降至3.2±2.8，蛋白尿从2505.0±1323.9降至858.0±800.7 mg/24 h（所有p < 0.05，配对t检验，n = 12）。在1年随访时，13例患者中，2例蛋白尿复发，而其他11例在最小治疗时疾病活动度持续降低。抗dsDNA水准下降。在进行正式检测的2例患者中观察到肾小球滤过率改善。非肾脏相关表现也明显改善。未报告严重不良事件。
