免疫系統
系統性紅斑狼瘡、硬皮症、類風濕性關節炎、銀肩病、僵直性脊椎炎、白斑症等自體免疫疾病。
間充質幹細胞（MSCs）在治療免疫系統疾病中的作用主要包括以下幾點：
1. **免疫調節**：MSCs具有特有的免疫調節及抑制功能，使得MSC治療得以直接應用於免疫及發炎疾病。
2. **分泌細胞因子**：MSCs可透過旁分泌、內分泌等作用分泌各種細胞因子，抑制組織凋亡、調節免疫發炎反應，並促進血管再生。
例如，MSCs已被用於治療移植排斥、自體免疫疾病、骨關節炎等疾病。
MSCs對T細胞和B細胞（T、B淋巴細胞屬於免疫細胞的一種）都表現出優異的免疫抑制特性，因此T-MSC具備治療由T細胞或B細胞介導發炎性疾病的潛力。
臨床案例
2007年3月2008年11月11月4日，15例持續活動性SLE患者入組並接受MSC治療。平均隨訪期為17.2±9.5個月。共有13例患者隨訪超過12個月。所有患者接受間充質幹細胞治療後臨床改善，SLEDAI評分和24h蛋白尿顯著降低。在12個月隨訪時，SLEDAI評分從12.2±3.3降至3.2±2.8，蛋白尿從2505.0±1323.9降至858.0±800.7 mg/24 h（所有p < 0.05，配對t檢驗，n = 12）。在1年隨訪時，13例患者中，2例蛋白尿復發，而其他11例在最小治療時疾病活動度持續降低。抗dsDNA水準下降。在進行正式檢測的2例患者中觀察到腎小球濾過率改善。非腎臟相關表現也明顯改善。未報告嚴重不良事件。
